.fd(Font Definition)ファイルは,フォントの対応関係を記述しておくファイルです.たとえばフォントエンコーディングが T1 の箇所でフォントファミリーが lmr のフォントを使うようになっていれば,t1lmr.fd という .fd ファイルの記述をもとに,どの .tfm ファイルを用いて組版するかが決定されます.
cbgreek フォント用いると
LaTeX Font Warning: Font shape `LGR/lmr/m/n' undefined (Font) using `LGR/cmr/m/n' instead on input line 162.
のような警告が出る場合の対処については cbgreek フォント を見てください.
エンコーディングによって用いるフォントファミリーが違う場合の対処方法については .fd ファイルの作成 を見てください.