バージョンによってオプションなどに違いがあります.
$ pdfnup intput.pdf --outfile output.pdf
もし --outfileオプションをつけなければできあがったPDFファイルはinput-nup.pdfとなります.
$ pdfbook input.pdf --outfile output.pdf
$ pdfjam input.pdf --nup 2x1 --a3paper --landscape --outfile output.pdf
pdfpagesパッケージを用いる場合であればプリアンブルに書く内容は --preambleオプションで指定できます.
$ pdfnup --preamble '\usepackage{fancyhdr} \pagestyle{fancy}' --outfile output.pdf input.pdf