「サンプル」の第1行の
\usepackage[T1]{fontenc}
がエンコーディングの指定です。
LaTeX では、D. Knuth 作成の CM(Computer Modern)というフォントが標準で使われますが、このフォントに含まれる文字は 128 種のみです。アクセントつきの文字はこの中に収まり切らないため、それらの文字はアクセント記号との合成で作ります。合成で作られた文字はハイフネーションができないなど、いろいろ不都合があります。
Babel パッケージを使用するときは、アクセントつきの文字が初めから含まれている EC(European Computer modern)フォントの使用が必須です。EC フォントを使用するには T1 エンコーディングというものを使う必要があります。プリアンブルに
\usepackage[T1]{fontenc}
と書いておきます。