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「サンプル」の第1行の
\usepackage[T1]{fontenc}
がエンコーディングの指定です。
LaTeX では、D. Knuth 作成の CM（Computer Modern）というフォントが標準で使われますが、このフォントに含まれる文字は 128 種のみです。アクセントつきの文字はこの中に収まり切らないため、それらの文字はアクセント記号との合成で作ります。合成で作られた文字はハイフネーションができないなど、いろいろ不都合があります。
Babel パッケージを使用するときは、アクセントつきの文字が初めから含まれている EC（European Computer modern）フォントの使用が必須です。EC フォントを使用するには T1 エンコーディングというものを使う必要があります。プリアンブルに
\usepackage[T1]{fontenc}
と書いておきます。
ギリシア語は T1 エンコーディングではなく、LGR エンコーディングを用いますが、LGR エンコーディングはここで指定する必要はありません。
