PDFのバージョンを1.4にし,圧縮を無効にします.以下はTeX Live 2015での作業例です.それ以外の場合は適宜読み替えてください.
pdftexconfig.texを個人用texmfディレクトリにコピーして編集し,fmtutilコマンドでフォーマットファイルを再生成します.
$ kpsewhich pdftexconfig.tex /usr/local/texlive/2015/texmf-dist/tex/generic/config/pdftexconfig.tex $ mkdir -p ~/texmf/tex/generic/config $ cp /usr/local/texlive/2015/texmf-dist/tex/generic/config/pdftexconfig.tex ~/texmf/tex/generic/config/ $ vi ~/texmf/tex/generic/config/pdftexconfig.tex $ fmtutil --all
途中で編集する~/texmf/tex/generic/config/pdftexconfig.texでは,以下の箇所を変更します(それ以外の箇所はそのままにしておきます).
\pdfminorversion=4 \pdfobjcompresslevel=0